大殿正中供奉的是御賜佛像毗盧遮那佛，漢譯大日如來，是佛教密宗的最高神抵。其兩旁是五代王審邽修大殿時增塑的四尊大佛，依次為東方香積世界阿閦佛，南方歡喜世界是寶生佛，西方極樂世界阿彌陀佛，北方蓮花世界成就佛，合稱五方佛，也叫五智如來。這五尊大佛金光閃爍，衣紋清晰，神容慈祥，法相莊嚴，雙手分別作說法、施與、接引、禪定等相，工藝精巧，令人嘆絕。五方佛的脅侍有文殊、普賢、阿難、迦葉以及觀音、勢至、韋馱、關羽、梵王、帝釋等諸天菩薩、護法神將共 10尊。在大殿后正中供奉著密宗六觀音的首座圣觀音以及善才、龍女和兩翼神態各異的十八羅漢。開元寺歷代住持皈宗不一 ：有法相宗、律宗、凈土宗、密宗、禪宗等宗派，而大殿卻能保持這種罕見的規制，這既值得夸耀，也是值得研究的。

　　大雄寶殿還有一個“百柱殿”的雅稱。全殿原計劃設立柱子一百根，后來因為需要放置佛像和騰出給佛教徒朝拜的地方，便加長了珩梁，減少了立柱，成為86根柱子的“百柱殿”。崇禎十年(公元1637年)右參政、按察使曾櫻與總兵鄭芝龍重修開元寺紫云大殿時，將其中木柱全部換成石柱。百柱殿的柱子形式豐富多彩，有宋、元、明各時期的海棠花式柱、圓柱、方柱。楞梭柱、蟠龍柱等。尤其是殿后廊檐間那對16角形輝綠巖石柱，雕刻著古代印度和錫蘭流傳的古印度教大神克里希那的故事和花卉圖案24幅，引起中外學者的極大興趣。它與殿前月臺須彌座束腰處的72幅輝綠巖獅身人面像和獅子浮雕，同為修殿時從已毀的元代主印教寺移來的。它們是宋元時期泉州海外交通繁榮發達，中外文化友好交流的歷史見證。

　　在五方佛前石柱和珩梁接合次，有兩排相向的 24尊體態豐腴、紋飾華麗、色彩斑斕，雙翼舒展的天女，梵文“頻伽”(即妙音鳥)。據佛經說：此鳥發聲微妙，仙音優雅，連歌神緊那羅都不及她。他們原是佛的侍者，而能工巧匠們把她們的下半身嵌人柱榫里，翼脅之下爪足外露，上半身向前伸出，昂首挺胸，短衣半袒，櫻洛圈脛胚，雙臂伸展，腕著馴鐲，手棒文房四寶，瓜果點心，絲竹管弦，翩翩若仙。他們不但給人以美的藝術享受，而且用以代替斗拱，依托粗大的珩梁，減少其過大的跨度，極為巧妙地將宗教、藝術與建筑融合起來，令人稱絕。

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