該館分有新舊兩個館區。舊館在泉州開元寺內東側，是古船陳列館。1991年2月建成的新館坐落于風景優美的東湖之畔，新館主樓宛如一艘遠航歸來停靠港灣的雙桅帆船，占地面積33000平方米，建筑面積7300平方米。該館辟有“泉州古船陳列館”、“泉州與古代海外交通史陳列館”、“泉州宗教石刻館”、“中國舟船世界”、“泉州海交民俗文化陳列館”等固定陳列及1個預約開放展覽——“莊亨岱藏品館”。在這些展廳中，分別陳列著不少舉世聞名的文物瑰寶，除了一艘國內發現年代最早、體量最大的宋代海船及其大量伴隨出土物外，還有數十根木、鐵、石古代錨具，數百方宋元伊斯蘭教、古基督教、印度教石刻，各個時期的外銷陶瓷器，160多艘中國歷代各水域的代表性船模，以及數量繁多的反映海外交通民俗文化的器物。

　　宋代海船　1974年出土，系當時國內發現年代最早、體量最大的宋代海外貿易海船。伴隨出土大量文物。

　　宗教石刻　宋元時期，泉州作為東方第一大港，吸引大量外國移民。泉州出土的大量伊斯蘭教、基督教、印度教等宗教石刻。

　　外銷陶瓷器　陶瓷器是中國古代海外貿易的主要商品。藏品中德化瓷器尤為珍貴。

　　古代航海　擁有大量古代航海用具，如明代四爪鐵錨、宋代木爪石碇等。

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