該寺平面呈方形，占地約2500平方米。其主體建筑正門樓和禮拜大殿是元代重修的遺物。寺門朝南，門樓甬道由4道巨大的有雕刻圖案的尖拱門組成，門樓頂部是望月臺和祝圣亭。禮拜大殿呈長方形，四壁以花崗巖石砌成。其南墻亦是寺的圍墻，向外敞開8個長方形窗，西墻中部呈方形凹入，為“米哈拉布”，砌飾巨大的尖弓寶蓋狀凹壁，雕刻有“三一體”阿拉伯文《古蘭經》節文，兩側墻壁布滿6個凹狀石刻，凹壁之間洞開4扇大窗。1607年泉州大地震，該寺的宣禮塔、祝圣亭和大殿圓頂塌毀。明代李光縉作的《重修清凈寺募緣疏》描述大殿建筑“疊疊重重，規制異人間之廟宇;昂昂噲噲，暈革仿天上之樓臺”。所描繪的即為阿拉伯式的圓頂建筑，還描繪寺塔如“一柱千云，并紫帽峰而作對，七級凌日，參開元塔為三”。指明該寺有塔1座，其高度堪稱泉州三大高層建筑之一(泉州開元寺雙塔高度分別為48.24米和44.06米)。《泉州府志》記載：“隆慶丁卯(1567)木塔壞。”故16世紀時塔為木制。爾后重修的塔為5層建筑，于康熙二十六年(1687)毀于颶風。明萬歷年間曾在禮拜大殿北邊建筑明善堂，大殿圓頂塌毀后，該堂遂成為禮拜之所。寺內現存有1507年的《重立清凈寺碑》、1609年的《重修清凈寺碑記》，以及明永樂五年(1407)的《敕諭》碑。泉州艾蘇哈卜寺是研究中外伊斯蘭建筑藝術交流史和泉州伊斯蘭教歷史的珍貴古跡。

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